Hola, mirá, a mi también me suele pasar, pero la única solución que encontré por el momento es liberar la memoria al usar el mugen, por ejemplo cerrar el firefox, el windows media, el msn, y cualquier programa de descarga en primer plano
y dejo así en el mugen.cgf:
PlayerCache = 8
Precache = 4
BufferedRead = 1
UnloadSystem = 1
y sobretodo esta,:
PauseOnDefocus = 0
Cuando la última opción me quedaba en 1 me salía lo del sonido entrecortado o se me cerraba después de ciertas peleas
espero te sirva, saludos