Bueno, es muy simple, bueno, primero que nada el intro que conseguiste debe tener 2 archivos:
Intro.def (archivo de texto con todo el coding) y el intro.sff (sprites)
lo que haces es simple les pones en la carpeta DATA y abres el archivo system.def de tu carpeta DATA, ahi vas a encontrar algo asi:
[Files]
spr = system.sff ;Filename of sprite data
snd = system.snd ;Filename of sound data
logo.storyboard = logo.def ;Logo storyboard definition (optional)
intro.storyboard = ;Intro storyboard definition (optional)
select = select.def ;Character and stage selection list
como veras hay uno que dice intro.storyboard, ahi insertas la direccion del intro, te va a quedar algo asi:
intro.storyboard = intro.def ;Intro storyboard definition (optional)
Guardas los cambios y listo! ya puedes disfrutar de tu nuevo intro de mugen, espero que te haya sido de ayuda