Veo que tenés dos preguntas, creo, una es cómo poner el jefe final secreto, pero después que cuando llegás a ese punto no pasa nada, puede ser?
En cuanto a por qué no sale determinado char, la verdad es que no sé, porque a mí también me pasa... en cuanto a asignarle un lugar fuera de la pantalla eso es muy sencillo.
Simplemente hay que utilizar espacios en blanco en el select.def, donde irá cualquier texto pero no el nombre de ninguna carpeta de algún personaje. Así si por ejemplo, en tu roster hay 10 columnas y 10 filas, y el select.def no tiene ningún espacio en blanco, en el system.def vas a la parte que dice "character select definition" y en columns cambiás el 10 por un 11 (o por los números que correspondan según el caso) y lo mismo con rows (filas).
Entonces abrís el select.def, y luego tras cada 10 chars, ponés un "blank", o en realidad cualquier otra cosa que no sea el nombre de ningún char que tengas, luego en la última hilera (la fila 11), vas a colocar 10 blanks, y al final el nombre de tu char jefe.
Ahí vas a ver que queda separado del resto y visto en la pantalla pero sin posibilidad de ser elegido. Así que para sacarlo fuera sólo vas a repetir lo anterior tantas veces como sea necesario, siempre agregando filas hasta que la última quede fuera, entonces quedará cómo que tu personaje no está.
Si no me entendés mandame un mp que te explico bien, es que es difícil explicarlo si no puedo mostrarte los pasos